Le livre fondamental rGyud-bZhi (Quatre Tantras) de Sowa-Rigpa est censé avoir été enseigné par le Bouddha et est donc étroitement lié à la philosophie bouddhiste. En conséquence, on croit que les êtres, même s'ils sont en bonne santé, sont « malades » jusqu'à ce qu'ils atteignent le Nirvana et que, même si la maladie ne se manifeste pas, elle est toujours présente sous une forme dormante jusqu'à ce que l'on élimine la cause première de la maladie, à savoir « l'ignorance ». L'ignorance est à l'origine de trois causes fondamentales de maladie: hDod-Chhags (désir/colère), cause première de rlung (Vata, énergie du vent), Zhe-sDang (colère), cause première de mkhris-Pa (Pitta, énergie de la bile/chaleur) et gTi-Mug (obscurité mentale), cause première de Bad-Kan (Kapha, flegme/énergie de la fraîcheur). Tous les phénomènes animés et inanimés de l'univers sont composés de la même matière basée sur hByung-Ba-lNga (cinq éléments) interdépendante du karma de tous les êtres vivants. Le comportement et la conduite du médecin et du patient sont également largement fondés sur les principes bouddhistes. Les rituels bouddhistes Tantra et Mantra jouent un rôle très important dans le traitement des patients.

Selon les principes de hByung-Ba-lNga et de Nyes-Pa-gSum, tous les phénomènes de cet univers sont composés de hByung-Ba-lNga, à savoir Sa, Chhu, Me, rLung et Nam-mkhah (traduits approximativement par terre, eau, feu, vent et espace ou Dharti, Jal, Agni, Vayu et Akash). La science de la physiologie, de la pathologie et de la pharmacologie de ce système est établie sur la base de ces théories. Cela signifie que le corps humain est composé de ces cinq éléments cosmo-physiques de hByung-Ba-lNga ; et tout déséquilibre dans le rapport de ces éléments dans notre corps entraîne des troubles. Les médicaments et le régime alimentaire utilisés pour traiter les troubles sont également composés des mêmes cinq éléments. Dans notre corps, ces éléments sont présents sous la forme de trois énergies appelées Nyes-Pa-gSum (trois humeurs), de sept constituants physiques (Sapt Dhatu) appelés Lus-Zungs-bDunand et de trois excrétions (Tri-mala) appelées Dri-Ma-gSum. Dans les médicaments, les produits diététiques et les boissons, ils existent sous la forme de Ro-Drug (six goûts), Nus-Pa-brGyad (huit puissances), Yon-Tan-bChu-bDun (dix-sept qualités/propriétés) et Zhu-rJes-gSum (trois goûts post-digestifs). Selon cette théorie, un médecin utilise ses connaissances, ses compétences et son expérience pour traiter un patient en s'appuyant sur la théorie de la similitude et de la dissemblance des cinq éléments.

Un corps sain se caractérise par l'équilibre des trois humeurs (Nyes-Pa-gSum), des sept constituants physiques (Lus-zungs-bDdun) et des trois excrétions (Dri-Ma-gSum) dans le corps, avec une harmonie complète des cinq agrégats (cinq sens). Les trois humeurs sont le vent (rlung), la bile (mkhris-Pa) et le flegme (Bad-Kan), qui sont eux-mêmes classés en cinq types différents pour chaque humeur. Les sept constituants physiques sont l'essence nutritionnelle, le sang, le tissu musculaire, le tissu adipeux, le tissu osseux, la moelle osseuse et le fluide régénérateur ; les trois excrétions sont les selles, l'urine et la sueur. Les humeurs sont les représentants biologiques de cinq éléments, les constituants physiques sont les éléments tissulaires de base du corps et les excrétions sont les déchets du corps dont l'élimination correcte est essentielle à la bonne santé. L'état de santé d'un corps dépend en grande partie de l'équilibre ou du déséquilibre de ces vingt-cinq éléments sur la base d'un régime alimentaire et d'un comportement adéquats. Le sujet du corps humain est expliqué dans Sowa-Rigpa de manière très détaillée avec différents chapitres sur l'embryologie, l'anatomie, la physiologie, la neurologie, etc.

Sowa-Rigpa est étroitement lié à la philosophie bouddhiste, selon laquelle toutes les créatures qui respirent sur terre sont malades tant que la cause première, à savoir l'ignorance, n'est pas éliminée. L'ignorance fait naître en nous trois poisons mentaux - la colère, le désir et l'obscurité mentale - qui sont à l'origine de la maladie. Lorsque le rapport entre les trois humeurs - le vent, la bile et le flegme - est déséquilibré en raison de conditions circonstancielles telles que le régime alimentaire, le mode de vie, les conditions saisonnières et mentales, il donne lieu à différents types de troubles. Les maladies peuvent être classées en fonction de leur localisation dans le corps, de leur type, etc. La présence de 84 000 types différents d'émotions affligeantes dans l'esprit donne lieu à 84 000 types différents de maladies. Celles-ci peuvent être condensées en 1016 types, puis en 404 types, puis en 101 types, en trois humeurs et enfin en deux types, à savoir les troubles du chaud et du froid.