Basado en la teoría de hByung-Ba-lNga, la farmacología de Sowa-Rigpa cree que cada sustancia en la tierra tiene valor medicinal y eficacia terapéutica. Las sustancias medicinales se clasifican en ocho categorías principales, es decir, Rin-Po-Chhe (metales preciosos y piedra), Sa-sMan (minerales), rDo-sMan (piedras), Shing-sMan (árboles), rTsi-sMan (esencia y exudados), Thang-sMan (plantas) sNgo-sMan (hierbas) y Srog-Chhags-sMan (partes de animales). Los ingredientes de la medicina se utilizan tanto en forma simple como en forma compuesta. Los medicamentos compuestos se basan en permutaciones y combinaciones de (i) formulaciones basadas en Ro (sabor) y (ii) formulaciones basadas en Nus-Pa (potencia). Hay alrededor de diecisiete categorías diferentes de preparaciones medicinales de las cuales algunas preparaciones importantes son decocción, polvo, pastillas, pasta, ghee medicado, ceniza medicada, vino medicado, extracto/resinas, Baño medicado, etc. La composición de un preparado medicinal se determina en función de los seis gustos principales: dulce, agrio, salino, picante, astringente y amargo. De éstos, una composición de sabor dulce está dominada por elementos Sa (tierra) y Chhu (agua); el sabor amargo está dominado por Me (fuego) y Sa (tierra); la salina está dominada por Chhu (agua) y Me (fuego); el amargo está dominado por Chhu (agua) y rLung (viento); el sabor picante está dominado por Me  (fuego) y rLung (viento); el sabor astringente está dominado por los elementos Sa (tierra) y rLung (viento). Sabores dulces, ácidos, salinos y picantes pacifican rLung Nyes-Pa (humor de viento). Sabores amargos, dulces y astringentes pacifican Nyes-Pa mkhris-Pa (humor biliar). Los sabores agrios y salinos penetrantes pacifican a Nyes-Pa Bad-Kan (humor de la flema). Zhu-rJes-gSum, (tres sabores post-digestivos), Nus-Pa-brGyad (ocho potencias) y Ngo-Bo (acción específica) de drogas particulares también juegan un papel importante en la elección de las drogas. La eficacia terapéutica de los medicamentos depende también de los factores antes mencionados.